Die offizielle Gründung Bonifacios geht auf das Jahr 828 und den toskanischen Grafen Bonifacio II. zurück. Archäologische Funde belegen allerdings, dass die Gegend bereits in
frühgeschichtlichen Zeiten besiedelt war. 1187 gelang es den Genuesern mit einer List die Stadt einzunehmen. Abgesehen von einer Unterbrechung in den Jahren von 1553 bis 1559 (Sampiero Corso) blieb Bonifacio bis 1768 in der Hand Genuas. Seit 1768 ist Bonifacio unter französischer Herrschaft. 1793 bereitete Napoleon hier die gescheiterte Invasion Sardiniens vor. Im Zweiten Weltkrieg wurde Bonifacio 1942 wie ganz Korsika von deutschen und italienischen Truppen besetzt.
Homer erwähnte wohl schon den Hafen von Bonifacio (Hafen der Lästrygonen) in Odysseus. Hier soll das Riesenvolk Menschenfressende Lästrigonen oder Zyklopen gewohnt haben, gegen die Odysseus und seine Mannschaft kämpften.
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