An der Stelle einstiger alt- und jungsteinzeitlicher Wohnplätze errichteten griechische Siedler aus Phokaia um 565 v. Chr. auf Korsika eine Niederlassung unter dem Namen Alalia
(Ἀλαλίη, bei Herodot Ἀλλαλία). Nach der Vertreibung aus ihrer an der Küste Kleinasiens zwischen dem Golf von Elaia und dem von Smyrna gelegenen Heimatstadt durch die Perser (546 v. Chr.) ließen sich viele Phokäer in Alalia nieder. Im Zuge der Einwanderung wurden mehrere Heiligtümer errichtet,[1] darunter wohl ein Heiligtum der Artemis. Die Bewohner der Stadt betätigten sich zum Teil als Piraten und machten die Gewässer unsicher, was die Handelsmacht Karthago und die Etrusker gegen sie aufbrachte. In einer gemeinsamen Aktion wurden die Griechen in der Seeschlacht vor Alalia 540 v. Chr. bezwungen. Daraufhin mussten sie die Stadt verlassen und siedelten sich im kampanischen Elea an. Alalia wurde etruskisch.
Die Etrusker beherrschten die Stadt bis ins 3. Jahrhundert v. Chr. Nachdem die Römer die Vorherrschaft der Etrusker gebrochen hatten, wurde Korsika samt Alalia für kurze Zeit karthagisches Protektorat. 259 v. Chr. wurde die Stadt von Lucius Cornelius Scipio im Zuge des ersten Punischen Krieges erobert. Mit Gründung der Kolonie Sardinia et Corsica wurde die Stadt endgültig römisch. Sulla gründete in der Stadt die römische Kolonie colonia Aleria.[2] Nach Plänen Caius Julius Caesars wurde die Kolonie von der Legion III des Octavian zwischen 36 und 27 v. Chr. neu errichtet. Nun hieß die Kolonie Colonia Veneria Julia Pacensis Restituta Tertianorum Aleria. Nach der Schaffung der Provinz Corsica war die Stadt Sitz des Provinzverwalters. Im Hafen war eine Abteilung der classis Milenensis stationiert. Die mit einem ordo decurionum ausgestattete Stadt wurde in der römischen Kaiserzeit von Duumviri verwaltet. Bezeugt ist auch ein Flaminat und in der späten Kaiserzeit ein principalis coloniae Aleriae.
In der Innenstadt von Aléria wurde eine antike, klassisch und hellenistisch geprägte Nekropole gefunden. Im Süden, in Casabiada, findet man noch Reste der Stadtmauer, das Amphitheater und des trapezförmigen Forums samt Kapitol und dem Prätorium des Gouverneurs.
Die Stadt überlebte wohl aufgrund ihrer Bedeutung und Größe als Bischofssitz seit 591. Zur Zeit Gregors des Großen war Aléria neben Ajaccio und Sagona eines von drei korsischen Bistümern. Er ließ 601 den lange vakant gebliebenen Posten wieder besetzen. Die Geschichte der nächsten 200 Jahre liegt im Dunkel. Erst für das Jahr der arabischen Zerstörung ist wieder ein Bischof bezeugt. 1092 wurden die korsischen Bistümer durch Papst Gregor VII. reorganisiert und Pisa als neuer Metropolitangewalt unterstellt. 1133 wurde das Gebiet der Diözese auf Druck Genuas hin zwischen beiden Städten auf geteilt, Aléria blieb bei Pisa. Das Bistum Aléria umfasste 18 pievi genannte Pfarrbezirke. Mehrfach wurde der Bischofssitz während Reformphasen durch Päpste Dominikanern, Franziskanern oder Augustinern anvertraut. Im Spätmittelalter verlegten die Bischöfe ihren Sitz von Aléria nach Cervione.
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